แต่เดิมบริเวณวัดเป็นป่ารกร้างไร้ผู้คนอาศัย จนในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้มีชาวลาวจากเวียงจันทร์อพยพมาตั้งถิ่นฐานสร้างชุมชนขึ้น เมื่อมั่นคงแล้วจึงสร้างวัด และได้พบเศียรพระพุทธรูปทองจมดินอยู่ จึงตั้งชื่อว่า ‘วัดหัวทอง’
ภายหลังมีการขุดคลองจากแม่น้ำท่าจีน เพื่อเป็นทางเสด็จพระราชดำเนินไปนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ ประชาชนจึงย้ายมาอยู่ริมคลองเจดีย์บูชา ในการนี้ได้ย้ายวัดมาด้วยเพื่อสะดวกต่อการสัญจร และเปลี่ยนชื่อเป็น "วัดศีรษะทอง" จนถึงปัจจุบัน
ด้วยเป็นวัดที่มีประวัติศาสตร์ยาวนาน จึงมีทั้งโบราณวัตถุ และโบราณสถานสำคัญๆ
ทั้งมีการศึกษาเกี่ยวกับเรื่องราวของดาราศาสตร์ โหราศาสตร์ และสมุนไพรมาตั้งแต่อดีต
ที่โด่งดังมากๆ คือเรื่องของพระราหู ซึ่งทางเจ้าอาวาส หลวงพ่อน้อย นาวารัตน์ ฟื้นฟูเรื่องพระราหูขึ้นมา จนมีผู้คนจากทั่วทุกสารทิศต่างเข้ามากราบไหว้บูชาพระราหูจวบจนปัจจุบัน
cr. talontiew.com nakhompathom.go.th
พิกัด อ.นครชัยศรี จ.นครปฐม
https://maps.app.goo.gl/4bsr3WsdiUwdQn7S7
เครดิต โดยนำข้อมูลมาจาก https://pantip.com/topic/39093226