วัดพระประโทณเจดีย์นี้ตามตำนานเล่าสืบกันมาว่า ตำบลประโทณ เป็นที่อยู่ของพรามหณ์ตระกูลหนึ่ง เรียกว่า
"โทณพราหมณ์" เข้าใจว่าพราหมณ์ตระกูลนี้มาจากอินเดียมาทำการค้าขายในสุวรรณภูมิแล้วตั้งรกรากอยู่ที่นี่ พราหมณ์ตระกูลนี้ได้นำ "ทะนานทอง" ที่ใช้ดวงพระบรมสารีริกธาตุมาด้วย ได้สร้างเรือนหินเป็นที่เก็บรักษาทะนานทอง และยังมีเรือนหินอีกแห่งหนึ่ง ซึ่งอยู่ริมถนนเพชรเกษมทางด้านทิศเหนือกิโลเมตรที่ ๕๓ - ๕๔ เป็นโบราณสถานที่มีซากปรักหักพัง
มีกองอิฐขนาดใหญ่เป็นเนินสูงกว่าระดับ 2 - 3 วา เมื่อสมัยรัชกาลที่ ๖ ได้มาสร้างตำหนักส่วนราชฤดีที่ใกล้วัดพระประโทณ ได้ขนอิฐหักเศษปูนมาถมทำถนน ที่ตัดจากนครปฐมไปสู่ตำหนักวัดพระประโทณเป็นจำนวนมาก ตามตำนานเล่าว่าเมื่อ พ.ศ.๑๑๓๓ ท้าวศรีสิทธิชัยพรหมเทพ ผู้สร้างเมืองนครชัยศรีได้ขอทะนานทองจากพราหมณ์ตระกูลนี้เพื่อจะส่งไป แลกเปลี่ยนกับพระบรมสารีริกธาตุ จากพระเจ้าแผ่นดินลังกา จำนวนหนึ่งทะนาน แต่ได้รับการปฏิเสธ เพราะถือเป็นของสูงศักดิ์สิทธิ์ที่เหลืออยู่อย่างเดียวที่บรรพบุรุษนำข้ามทะเลมาจากอินเดีย ท้าวศรีสิทธิชัยได้ทำสัญญากับทางลังกาไปแล้ว และต้องการพระบรมสารีริกธาตุมา จึงยกรี้พลไปแย่งเอาทะนานทองมาจนได้ และส่งไปลังกาเพื่อแลกพระบรมสารีริกธาตุตามสัญญา หลังจากนั้น ท้าวศรีสิทธิชัยได้สร้างพระปฐมไสยาสน์องค์หนึ่ง ใหญ่ยาวมหึมา หรือจะเป็นพระปฐมเจดีย์ไม่แน่ชัด แล้วนำพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุไว้เมื่อพุทธศักราชล่วงได้ ๑๑๙๙ พรรษา พระเจ้ากะวรรณดิศราช เจ้าเมืองละโว้ได้ก่อพระเจดีย์ล้อมเรือนศิลาที่บรรจุทะนานทองแล้ว ให้นามว่า พระประโทณเจดีย์
เจดีย์องค์นี้สูง ๕๐ เมตร ฐานสี่เหลี่ยมกว้างด้านละ ๖๐ เมตร ก่อเพิ่มเติมสมัยรัชกาลที่ ๔ ต่อมาเกือบ ๑๐๐ ปีมานี้ องค์สถูปเจดีย์ชำรุดทรุดโทรมลง หลวงกรมการ (พ่วง) และนางวัง กรรมการ (พริ้ง) สุวรรณรัตน์ได้สร้างยอดและทะนานจำลองขึ้นที่กรุงเทพฯ ส่วนพระเขี้ยวแก้วนั้นสร้างจำลองและอัญเชิญมาจากลังกาครั้งพระเจ้าปฤษฏางค์ เสด็จไปราชการที่เมืองลังกา ท่านทั้งสองรักใคร่กับพระองค์มากจึงขอพระเขี้ยวแก้วมาให้ ขณะนี้ประดิษฐานอยู่ในพระอุโบสถพระประโทณเจดีย์เป็นของคู่มากับ องค์พระปฐมเจดีย์ จากหลักฐานเอกสาร เรื่องพระประโทณเจดีย์
เมื่อมีการศึกษาจากภาพถ่ายทางอากาศก็สันนิษฐานว่าเมืองโบราณ ที่นครปฐมนั้นตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของพระปฐมเจดีย์ ในปัจจุบัน คือตั้งอยู่บริเวณพระประโทณเจดีย์นี่เอง มีเจดีย์พระประโทณเป็นศูนย์กลางส่วนพระปฐมเจดีย์นั้นอยู่นอกเมืองเพราะเป็นศาสนาสถาน ซึ่งต้องการความสงบเงียบ ท่านกล่าวว่าที่ว่าเมืองสมัยทวารวดีซึ่งนครปฐมอยู่ตรงนี้นั้นเพราะได้ค้นพบร่องรอยมีคูล้อมรอบตัวเมืองรูปไข่ ทุกวันนี้โบราณสถานแห่งนี้มีนักท่องเที่ยว และนักศึกษามาชมเสมอทุกปีจะมีงานนมัสการพร้อมๆ กับงานนมัสการพระประเจดีย์ เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบันและคณะกรรมการวัดได้พยายามปรับปรุงปฏิสังขรณ์ ตกแต่งบริเวณวัดด้วยต้นไม้ถนนหนทางดูสะอาดตาเป็นระเบียบยิ่งขึ้น เพราะเล็งเห็นความสำคัญอันจะนำมาซึ่งความสุขทางใจแก่ประชาชนที่อาศัยอยู่ในจังหวัดนครปฐมอย่างยิ่ง
สอบถามเพิ่มเติม โทร. +66 3421 2011, +66 3421 2313, +66 3424 2440
กิจกรรม อบจ.
